На суперкомпьютере МВС-10П ОП организована поддержка пакета ELK (https://elk.sourceforge.io), предназначенного для ab initio и DFT квантово-химических расчетов. Полное руководство с описанием всех доступных методов и опций доступно по ссылке https://elk.sourceforge.io.

Ищите последнюю версию в каталоге /opt/cluster_software/ELK

Пакет поддерживает параллельность в рамках OpenMP и MPI.
Скрипт-обёртки для запуска на одном узле в гибридном режиме MPI+OpenMP (run.sh) находится в директории /opt/cluster_software/ELK.
Вы можете скопировать его в свою проектную директорию и использовать индивидуально.

Пример запуска задачи «elk.in» на одном вычислительном узле с 64 потоками:
export OMP_NUM_THREADS=4 ; mbatch -np 16 -s broadwell -maxtime 5 run.sh 4
4 – число нитей OpenMP
«-np 16» – запуск MPI процессов
«-s broadwell» – указание подраздела суперкомпьютера (в примере broadwell)
«-maxtime 5» – максимальное время счета (в примере 5 минут)
«run.sh» – скрипт запуска задачи на одном узле
«test» – имя файла задачи без расширения .in , в примере test.in
Рекомендуем указывать 64 потока для broadwell, 72 для skylake, 96 для clk и 128 для icelake.

Для удобства создания конфигурационных файлов ELK была установлена виртуальная среда anaconda с программным пакетом ase, pymatgen и phonopy. Активация виртуальной среды осуществляется командой: source /opt/cluster_software/anaconda3/bin/activate elk_env
Конвертация файла с координатами атомов в cif-формате (‘my_cell.cif’) в файл формата ELK (‘GEOMETRY.OUT’) может осуществляться простым питоновским кодом:
from ase import Atoms
from ase.io import read, write
from ase.io.elk import write_elk_in

a=read(‘my_cell.cif’)
print(a)
write_elk_in(‘GEOMETRY.OUT’,a)

С вопросами по использованию обращайтесь
vasp_admin@jscc.ru