На суперкомпьютере МВС-10П ОП организована поддержка пакета siesta, предназначенного для ab initio и DFT квантово-химических расчетов. Полное руководство с описанием всех доступных методов и опций доступно по ссылке https://siesta-project.org/siesta/.

Пакет поддерживает параллельность в рамках OpenMP и MPI.

Пример скрипта-обёртки для запуска на двух узлах в гибридном режиме MPI+OpenMP (run.sh) находится в директории /opt/cluster_software/SIESTA/EXAMPLE . Вы можете скопировать его в свою проектную директорию и использовать индивидуально.

Пример запуска задачи siesta на двух вычислительных узлах broadwell с 64 потоками каждый:

export OMP_NUM_THREADS=4; mbatch -np 32 -ppn 16 -maxtime 10 -s broadwell run_siesta.sh

4 – число нитей OpenMP
«-np 32» – запуск MPI процессов
«-s broadwell» – указание подраздела суперкомпьютера
«-maxtime 10» – максимальное время счета
«run_siesta.sh» – скрипт запуска задачи
Следует помнить, что 64 потока доступно для broadwell, 72 для skylake, 96 для clk и 128 для icelake. Число OpenMP нитей, умноженное на число MPI процессов на узел (значение при ключе –ppn), должно равняться максимальному числу потоков, поддерживаемому одним узлом. В данном примере: 16*4=64 столько потоков на узле broadwell. Так как заказано 32 mpi потока, то будет выделено два узла broadwell.

Следует помнить, что на суперкомпьютере ресурсы пользователям выделяются кратно вычислительным узлам. Например, если пользователь закажет всего один поток для своей задачи, то ему будет выделен весь узел, один поток будет использоваться, а остальные свободные потоки будут простаивать и будут недоступны другим пользователям, пока простая задача на один поток не завершится. Чтобы такого не происходило, пользователям необходимо ставить в очередь задачи так, чтобы все заказанные ресурсы использовались.

С вопросами по использованию пакета SIESTA можно обращаться в поддержку vasp_admin@jscc.ru