На суперкомпьютере МВС-10П ОП организована поддержка пакета OpenMX (https://www.openmx-square.org), предназначенного для ab initio и DFT квантово-химических расчетов.

Полное руководство с описанием всех доступных методов и опций доступно по ссылке https://www.openmx-square.org.

Ищите последнюю версию в каталоге /opt/cluster_software/

Пакет поддерживает параллельность в рамках OpenMP и MPI.

Скрипт-обёртки для запуска на одном узле в гибридном режиме MPI+OpenMP (run.sh) находится в директории /opt/cluster_software/openmx3.9. Вы можете скопировать его в свою проектную директорию и использовать индивидуально.

Пример запуска задачи «Fe_Cluster_jx.dat» на одном вычислительном узле с 64 потоками:

export OMP_NUM_THREADS=4 ; mbatch -np 16 -s broadwell -maxtime 5 run.sh 4

4 – число нитей OpenMP
«-np 16» – запуск MPI процессов
«-s broadwell» – указание подраздела суперкомпьютера (в примере broadwell)
«-maxtime 5» – максимальное время счета (в примере 5 минут)
«run.sh» – скрипт запуска задачи на одном узле
«test» – имя файла задачи без расширения .in , в примере test.in

Рекомендуем указывать 64 потока для broadwell, 72 для skylake, 96 для clk и 128 для icelake.

С вопросами по использованию обращайтесь
vasp_admin@jscc.ru