На суперкомпьютере МВС-10П ОП организована поддержка пакета abinit, предназначенного для ab initio и DFT квантово-химических расчетов. Полное руководство с описанием всех доступных методов и опций доступно по ссылке https://abinit.github.io/abinit_web/

Пакет поддерживает параллельность в рамках MPI. Самая свежая версия abinit установлена в /opt/cluster_software/ABINIT/abinit_latest

Пример скрипта-обёртки для запуска в режиме MPI находится в директории /opt/cluster_software/ABINIT/EXAMPLE

Вы можете скопировать его в свою проектную директорию и использовать индивидуально. Запуск осуществляется командой

. run_abinit.sh

Если команда не сработает, то поменяйте параметры доступа скрипта. Например:

chmod 744 run_abinit.sh

Пример запуска задачи abinit на двух вычислительных узлах broadwell с 64 потоками каждый:

mpirun -np 128 -ppn 64 -s broadwell -maxtime 10 /opt/cluster_software/ABINIT/abinit_latest/bin/abinit tspin_1.abi >& log

«-np 128» – количество запрашиваемых MPI процессов
«-ppn 64» – количество MPI процессов на 1 вычислительный узел
«-s broadwell» – подраздел суперкомпьютера
«-maxtime 10» – максимальное время счета

Следует помнить, что все гиперпоточные (hyper-threading) процессоры вычислительного узла будут заняты, если использовать
64 потока  для broadwell,
72 для skylake,
96 для clk и
128 для icelake.

На суперкомпьютере ресурсы выделяются кратно вычислительным узлам. Например, если заказать всего один MPI-поток (-np 1), то под задачу будет выделен один узел полностью, и на нём будет запущен один MPI-поток, который будет выполняться на одном процессоре, а остальные будут простаивать. Чтобы такого не происходило, необходимо ставить задачу в очередь так, чтобы все заказанные ресурсы использовались.

По вопросам установки и запуска можно обратиться к администратору vasp_admin@jscc.ru